Videó: Mi az a BAM indexfájl?
2024 Szerző: Lynn Donovan | [email protected]. Utoljára módosítva: 2023-12-15 23:48
A BAM fájl (. bam ) a SAM bináris változata fájlt . Egy SAM fájlt (. sam) egy tabulátorral tagolt szöveg fájlt amely szekvencia-illesztési adatokat tartalmaz. Indexelés : Az IGV megköveteli, hogy mind a SAM, mind a BAM fájlok pozíció szerint kell rendezni és indexelt , és hogy a index fájlok meghatározott elnevezési konvenciót követni.
Hasonlóképpen, az emberek azt kérdezik, hogyan lehet megnyitni egy BAM fájlt?
Tól Fájl menüből válassza ki Nyisd ki és válassza ki BAM fájlok a bal oldalról. Válassza ki a jobb oldalon található gombot, amelyen az a felirat szerepel BAM fájl . Navigáljon a BAM Teszt Fájlok a letöltött mappát válassza ki a with_index_with_graph. Kattintson Nyisd ki , válassza ki a térképet.
Másodszor, hogyan konvertálhatok egy BAM fájlt Fastq-re? Az alábbiakban bemutatjuk a BAM fájl FASTQ formátumba konvertálásának lépéseit. Ez működni fog Linuxon, és SAMTOOLS-ra és BEDTOOLS-ra lesz szükség
- Töltse le a SAMTOOLS-t.
- Bontsa ki a tar xzvf samtools-version.tar.bz2 paranccsal.
- Ez létrehoz egy mappát samtools-version néven.
- Lépjen a cd samtools-version könyvtárba.
Hasonlóképpen, hogyan konvertálhatok egy BAM-fájlt SAM-fájllá?
Nak nek konvertálja a SAM-ot nak nek BAM , a samtools view parancsot használjuk. Meg kell határoznunk, hogy a bevitelünk be van-e kapcsolva SAM formátum (alapértelmezés szerint elvárja BAM ) az -S opció használatával. Azt is el kell mondanunk, hogy azt akarjuk, hogy az eredmény legyen BAM (alapértelmezés szerint előállítja BAM ) a -b opcióval.
Mit csinál a Samtools view?
Samtools olyan segédprogramok készlete, amelyek a BAM formátumú igazításokat manipulálják. SAM (Sequence Alignment/Map) formátumból importál és oda exportál, csinál rendezés, összevonás és indexelés, és lehetővé teszi az olvasmányok gyors visszakeresését bármely régióban. Samtools úgy tervezték, hogy egy adatfolyamon működjön.